膽酸(Bile acids)為腸道菌代謝物中最重要的一類，起初由膽固醇(Cholesterol)在肝臟中合成後儲存於膽囊，再分泌至小腸幫助脂溶性營養物吸收與排泄，依序進入大腸經微生物生成次級代謝物，於迴腸末端再吸收進入宿主。膽酸除了扮演消化角色外，亦作為信息傳遞的因子誘導激素分泌。研究證實，膽酸的失調與癌症、發炎性腸病如潰瘍性結腸炎、肥胖、代謝症候群、非酒精性脂肪肝等疾病的發生有關聯。此外，由於膽酸的疏水特性，有些次級膽酸比初級膽酸有更大的毒性，進而損壞細胞或產生活性氧誘導發炎反應。目前膽酸種類繁多，在生物體中皆扮演不同功能，透過膽酸檢測可了解宿主與微生物相互作用對於疾病的影響。

檢測方式：以液相層析串聯式質譜儀(LC-MSMS)，採同位素內標校正，在多重反應監測模式下，定量檢測64種膽酸。

適用樣本：血漿、血清、尿液、糞便。